Tienen buena fama, que yo sepa, las universidades de Madrid y Barcelona (algo bastante lógico, por recursos). Creo que Canarias son bastante buenas también, pero no me hagas mucho caso. En Madrid se que la profesion está en auge, aun con los tiempos que vivimos, en Barcelona no se. Y todavía tienen mas exito las nuevas terapias naturales (bueno...de nuevas nada, llevan toda la vida), que giran en torno a la temática de la fisioterapia. Solo hay que ver la cantidad de, por ejemplo, gente en reflexologia en Madrid http://reflexologiapodal.es/reflexologia-podal-madrid/ y en terapias similiares.
Mi consejo es que si no puedes ir a Madrid o Barcelona, quizás sea buena tu idea de hacerlo en Canarias. Por cierto que yo viví un año en Las Palmas y es un sitio donde se vive muy agusto, no todo lo que importa es que sea la mejor facultad, también que sea un sitio donde tu te encuentres agusto, porque son muchos años por delante de estudios.
Buena suerte y que decidas bién.