Bueno... te pego por aquí la bibliografía recomendada en mi facultad (ULPGC), supongo que no diferirá mucho de una facultad a otra, espero que te ayude:
1. Microbiología médica
Patrick R. Murray ...[et al.]
Harcourt Brace, Madrid (1997) - (2ª ed.)
2. Compendio de microbiología médica
José A. García-Rodríguez ...[et al.]
Harcourt Brace, Madrid (1999)
3. Microbiología y parasitología médica
A. Pumarola... [et al.]
Salvat, Barcelona (1987) - (2ª ed.)
4. Microbiología
Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein
McGraw-Hill, Madrid (2004) - (5ª ed.)
5. Microbiología médica
Patrick R. Murray ...[et al.]
Elsevier, Madrid (2005) - (5ª ed.)
6. Microbiología e inmunología médicas
Warren Levinson
McGraw-Hill Interamericana, Madrid (2006) - (8ª ed.)
7. Microbiología médica: una introducción a las enfermedades infecciosas
Dir. John C. Sherris
Doyma, Barcelona (1993)
8. Tratado SEIMC de enfermedades infecciosas y microbiología clínica
directores, Vicente Ausina Ruiz, Santiago Moreno Guillén ; coordinadores, Jorge Alvar Ezquerra ... [et al.]
Médica Panamericana, Madrid [etc.] (2006)
9. Microbiología clínica
Guillem Prats
Editorial Médica Panamericana, Madrid (2006)
Muuucha suerte!
P.D.: Yo, personalmente, te recomiendo el primero, muy completo y fácil de entender (aunque es muuuuy grande).