Ya se han publicado en el foro comentarios sobre ambas facultades.
Independientemente de las consideraciones académicas y prácticas yo optaría por la que esté mejor conectada con tu entorno familiar y social (suponiendo que no vives en ninguna de las dos ciudades).
Medicina es una carrera muy larga y exigente y es muy probable que pases algún período malo (o que lo pase algún familiar y/o amigo), por circunstancias vitales ó de salud (yo lo pasé en sexto tras un accidente de tráfico). Y tener en ese momento el apoyo de tu familia y amigos (o que ellos tengan el tuyo) es algo maravilloso, que muchas veces no se tiene en cuenta cuando se toman decisiones que pueden influir en tu vida durante un largo período de tiempo.